對于藥廠凈化車間來說，為避免空調運行管理的混亂，必須有一套合理的管理制度，以形成正常的工作秩序。這些制度一般包括:
崗位責任制——規定班長、值班長、維修和運行人員、師徒等的工作內容及職責；
運行管理守則——包括值班守則、維修守則和調試守則；
儀表設備安裝運行操作制度——規定各種儀表設備的安裝、使用操作程序和注意事項；
儀表工具保管制度等。
下面僅就空調運行應遵守的制度做一介紹。
值班運行直接關系到藥廠凈化車間溫濕度和潔凈度等各項參數，運行質量的好壞，很大程度上取決于值班人員能否按規定要求進行操作。
空調系統每班值班人員宜保證兩人。值班人員應做到:
（1）運行前應測出室內外溫濕度，并根據室內外氣象條件確定本班運行方案。
開車前要對設備進行檢查，做好運行準備。檢查項目包括:風機、水泵等轉動設備有無異常；冷熱水溫度是否合適；打開應該開啟的閥門；給測濕儀表加水等如發現問題應及時向班長（或值班長）報告。如無異常，準備就緒后便可開車。開車時必須待一臺設備正常運轉后才能啟動另一臺。開車順序是:先開送風機，后開回風機，再開電加熱和水泵（水泵運行可根據需要靈活掌握）等。停車時次序相反。停車后要全面檢查，消除不安全因素，拉下電閘，關好應關的水閥、風閥和照明、門窗等。
（2）值班時要認真負責，勤巡視、勤檢查、勤調節，并根據氣象變化調整運行方案。隨時注意控制盤上各種儀表設備動作情況；一般每小時應到機房巡視檢查一次，傾聽運轉設備聲音、試軸承溫度、看噴水情況等等；每天至少進車間巡視一次，做到及時發現問題及時解決問題，并應結合運行中遇到的實際問題，不斷總結運行經驗，摸索運行規律。
值班人員不準擅離職守，設備在運轉中不允許睡覺。
（3）做好運行記錄，一般每小時記錄一次。記錄數據時，錯寫后只能重寫，不許涂改。除把表10.6中要求項目填寫清楚外，還必須把同有關單位（如鍋爐房、冷凍站和車間等）聯系工作的情況等如實記錄。
（4）注意設備和人身安全。女職工上班應戴工作帽，無關人員不要進入機房和值班室。合閘時要嚴密注意周圍人員有無觸電危險。電氣線路維修時，一定要掛警告牌，嚴禁隨便合閘。出了事故，首先防止事故蔓延，并保持現場，冷靜處理，不要慌張。
（5）值班員負責整個空調系統的管理。當進行設備維修或來人參觀時，必須征得值班員的同意和配合，并做好記錄，確保系統正常運行。
（6）值班員應同維護人員一起進行日常維護工作，并經常向班長和維修人員報告儀表設備運轉情況。
（7）必須經常保持值班室和機房的整潔。值班室和機房應每天清洗，空調箱內部應每季度認真清掃洗刷一次。
（8）值班員如果負責本系統的工具保管，要嚴格執行借用手續，并至少兩個月清查一次。
（9）如果藥廠凈化車間不需送風，或藥廠凈化車間不符合送風要求，抑或出現其他不可克服的影響運行的因素時，值班員有權停車，但在停車前應盡量先與車間聯系。當空調系統停風后，要立即通知冷凍站和鍋爐房停送冷熱水。
（10）如多班制運行，要嚴格遵守交接班手續，當班人員需向接班人員詳細介紹運行情況、應注意的問題和需要繼續進行的工作等。嚴禁當班人員在接班人員未到達之前離開值班崗位。