對于藥廠設計來說，制藥工程工藝設備是實現工藝生產的根本，工藝流程的設計以及工藝布局、設備的設計選型，直接影響工藝流程的實際效果，影響最終生產的實際效果，直接影響產品的能耗、成本。
在藥廠設計中，工程中工藝平面設計、工藝設備選型方案、施工管理的建議：
1、根據規劃制訂產品工藝流程圖；
2、 制訂工藝設備產能匹配的工藝流程圖；
3、 根據產能規劃選擇合適的設備；
4、 設備選型：直接影響工藝平面的設計，需要重點關注以下內容；
1) 大型設備的外形尺寸，特別是高度，直接影響房間的標高，廠房的能耗，公用介質的維修空間等；
2) 設備的平面面積，需充分考慮配套附機、人員、物料因素等，一般圖紙很容易遺漏，造成平面圖紙看空間很寬敞，實際生產時，沒有操作空間、維修空間小等比較致命的缺陷；
3) 大型運行設備的回轉半徑，影響同上，并存在安全隱患風險；
4) 設備相應的公用介質需求量、需要點數等，否則直接影響后期安裝工作進度、質量；
5) 設備核載確定，是否需要加固或特殊設計等，是否需要建筑預留空洞等，否則后期再增加，費用直線上升；
6) 相關管道以及連接部件的確定，與工程管道如冷、熱水管、橋架風道等是否干涉，此條很容易在現場施工時，造成頻繁問題返工；
對于藥廠設計來說，以上工藝條件越全面、準確，對后期的施工影響越小，是工程質量、工程進度的保障前提條件，有些公司工程項目由于對現場變更管理比較容易，所以容易掩蓋以上存在的問題，但是這樣后期便會（由于設計缺陷，頻繁返工）出現項目費用不可控、工期進度不可控、質量不可控的問題，造成項目管理失去了本來的意義。
5、 項目進度控制，需要充分考慮設備安裝調試的周期，預留足夠時間，并于整體項目施工內容有條件穿插進行，加速項目進度。
6、 由于制藥工程的特殊性，工程之外還有很多工作需要占用項目工期，想內裝修、自流平施工、衛生清潔、空調系統調試、電力供應等等，有些是與設備安裝、調試不可兼容的，因此整體工期的設計需要充分考慮這些因素。
對于藥廠設計來說，工藝設備是制藥工程中關鍵的一環，但是由于其工程特點，相關專人人員或是項目管理人員重點大部分都在工程本身（潔凈工程施工、水電等動力施工等、建筑施工等），往往容易忽略了這一關鍵內容，容易到最后才發現生產需要的設備還沒有安裝、調試完畢，加班趕進度，質量很難保障。