在食品工廠加工車間中，排水溝的衛生、清潔至關重要，如果出現嚴重積水、滲漏、污穢物等，往往會滋生霉菌和蟲害從而造成食品的污染，導致眾多產品安全問題。外部蟲害、老鼠等都有可能從下水道通過車間地漏進入生產區域，所以食品工廠車間排水溝設計是車間與排水管系統相結合的重要環節，做好食品工廠車間排水溝設計刻不容緩。
食品工廠車間中水管外應在適當的位置安裝真空消除器，避免水管外被污染的水被虹吸和倒流進入水管內。食品工廠車間排水溝設計應該做到排水溝表面光滑并且不滲水，可以考慮樹脂溝和HDPE排水溝，也可以用瓷磚貼面，最好的是不銹鋼材料，最不可取的是水泥。
食品工廠車間排水溝設計施工的同時要保證2%-3%的傾斜度最好，轉彎處要做成圓弧形，避免直角彎，以確保排水暢通不積水，并且表面要光滑沒有裂縫。食品工廠車間排水溝設計時注意排水的方向也是從清潔區向非清潔區排放，不同的車間要設置不同的排水溝，排水溝上邊還要加上不銹鋼材料制成的活動篦子。排水溝的出口處要安裝防鼠網罩，車間地漏或者排水溝的出口需使用U型、P型或者S型的可以存水彎的水封，起到防蟲防臭的作用。需要浸燙打毛的車間需要采取明溝，方便清除羽毛和污水中的形物。明溝應該采取淺淺的明溝，更便于沖洗、易于監控。
4、食品工廠車間排水地漏要設防固形物進入的措施
車間內的異味來源之一就是通過地漏散發到車間的各個角落。所以最理想的地漏應該帶有水封，最好是帶消毒劑液封，液封高度達到7厘米以上就可以防止排水溝反味，類似馬桶的U型管。但是液封液位不宜過高，避免長時間不生產出現蒸發現象導致液位降低失去價值。
地漏如果長時間貯水，導致濕度過高，并且殘渣較多，就是生產車間內的一個重要污染源，是微生物特別是霉菌繁殖的樂土。所以在食品工廠車間中排水溝的清潔特別重要，要控制好清潔次數，在食品工廠車間排水溝設計時都要考慮到這些方方面面。
1、每天要洗洗刷刷，清潔完成后做好消毒工作，90℃以上的開水以及漂白劑或者泡沫消毒劑，季銨鹽類型的。
2、出入車間要關好門窗，下水道上邊安裝滅蠅燈，做好車間衛生。