食品工廠設計方案的選擇就是在各個方案中選擇最佳方案。為避免在決策中發生重大、根本性的錯誤，我們必須先對方案進行綜合分析，而后再根據一定的原則進行。
一、方案的綜合分析
方案的綜合分析，就是將每個方案在技術、經濟上的各種指標、優缺點全面列出，以作為方案評價和選擇時的分析依據。食品工廠設計方案的綜合分析一般包括以下內容:
(1) 列出每個方案具體計算好的各項經濟效果指標，并對這些指標進行分析。任何一個技術方案，它的投資效果系數和投資利潤都應高于國家或部門規定的標準數據。若項目的投資是在有償使用的條件下，投資效果系數和投資利潤率定要高于銀行貸款的利率，否則，在項目建成后，連利息都付不起，這樣的項目是不能投資和建設的。
(2) 列出各個食品工廠設計方案的總投資、單位投資和投資的產品率，并分析投資的構成和投資高低的原因，提出降低投資的方向和具體措施。在分析投資時，特別要注意結合項目技術特點，嚴格分清項目建設及逐年所需的投資額，避免投資積壓，盡量提高投資的使用效果。
(3)列出和分析每個方案投產后的產品成本，分析成本的構成和影響因素，提出降低成本的原則和主要途徑。
(4) 列出和分析每個方案投產后的產品數量和質量，指出這些產品投產后對發展食品工業、提高人民生活水平和發展農業的意義，特別是出口產品，要指明在國際上的競爭能力。
(5)分析各方案投產后的勞動生產率，在國內和國際上與同類企業相比是屬高的還是屬低的，原因何在，如何提高等。
(6)分析每個方案采用了哪些先進技術，它們的水平和成熟程度如何，這些先進技術對提高產品質量和勞動生產率有什么影響，經濟效益如何。
(7)列出和分析每個食品工廠設計方案在消耗重要物資材料和占有農田方面的情況，指出采用了哪些措施
(8)分析每個方案的建設周期，提出保證工程質量、縮短工期的措施。
(9)分析項目的“三廢”處理情況。
在進行每個方案的綜合分析時，要有科學態度，有敘述、有評論，為正確合理地選擇方案提供依據。
二、食品工廠設計方案選擇的原則
正確、合理地選擇方案，就會給地區、企業的經濟繁榮奠定扎實基礎，而方案選擇又是件非常困難和復雜的事。一般在選擇時，面對的各個方案常常是互相矛盾、各有長短，造成優劣難分。為做好方案的決策工作，我們應依據項目特點，遵循下列原則，綜合考慮，選出最佳方案。
(I) 食品工廠設計建設方案的選擇，在有充足的原料和市場需求的前提下，再考慮經濟效果。
(2)方案的選擇要符合國情和地區實際情況，例如根據我國能源緊張和勞動力比較富裕的國情特點，在選擇進口先進設備時就要具體分析，切勿盲目引進，給國家、地方或企業造成不必要的經濟損失。
(3)方案的選擇要與方案的實施相結合，選擇的方案雖經濟效果最好，如實施有困難，則仍是紙上談兵。在方案選擇時，不可忽視方案實施的可能性。
(4)食品工廠設計方案選擇時要多聽不同意見，盡量避免片面性，使方案選擇更為合理。這樣，當食品工廠投產后，就可獲得較好的經濟效益和社會效益。