下面筆者談下藥廠設計之抗生素的初步分離。初步分離包括溶劑萃取、離子交換、吸附、沉淀、膜分離、雙水相萃取、超臨界流體萃取等。在該階段，目的是除去與產物性質差異較大的雜質，各種不需要的物質先后被分離，目的產物的濃度大大提高，為后道精制工序創造有利條件。
（1）藥廠設計之抗生素分離的吸附法
吸附法是利用吸附劑與抗生素之間的分子引力而將抗生素吸附在吸附劑上。吸附劑有活性炭、白土、氧化鋁、各種離子交換樹脂等，其中以活性炭應用最廣。
（2）藥廠設計之抗生素分離的萃取法
萃取法是用一種溶劑將抗生素自另一種溶劑（例如發酵液）中提取出來首先，這兩種溶劑必須不能混溶或部分混溶，以能形成兩相而便于分離。其次，所選用的溶劑對抗生素應有較大的溶解度和選擇性用量較少就能提取完全，并使抗生素和雜質有一定程度的分離。這樣，經過萃取后就能達到濃縮和提純的目的。目前，幾種主要醫用抗生素生產（如青霉素、金霉素、紅霉素等）幾乎都采用萃取法提取。
（3）藥廠設計之抗生素分離的離子交換法
是利用離子交換樹脂和抗生素之間的化學親和力，有選擇地將抗生素吸附上柱，然后以較少量的洗脫劑將它洗下來。利用此法時，抗生素必須是極性化合物，即在溶液中能形成離子的化合物。如為堿性抗生素，則可用酸性離子交換樹脂去提??；如為酸性抗生素，則可用堿性離子交換樹脂去提取。例如，鏈霉素、新霉素、卡那霉素、慶大霉素、土霉素、多黏菌素等均可用離子交換法，紅霉素、林肯霉素、麥迪加霉素、螺旋霉素的離子交換提煉方法也在研究中
（4）藥廠設計之抗生素分離的沉淀法
沉淀法的原理在于:抗生素能和某些無機離子、有機離子或整個分子形成復合物而沉淀，且此沉淀在適宜的條件下又很易分解。例如四環類抗生素在堿性下能和鈣、鎂、鋇等金屬離子或溴代十五烷吡啶形成沉淀，青得素可和N，N二芐基乙二胺形成沉淀，新霉素可以和強酸性表面活性劑形成沉淀。對于兩性抗生素（如四環素）可調節pH值至等電點而沉淀。而對弱酸性抗生素如新生霉素，可調節pH至酸性而沉淀。