生鮮食品廠的車間內的安全衛生設施包括危險品存放設施、蚊蟲鼠害控制設施、通風設施、洗手消毒設施、更衣室、浴室、廁所、潔凈間等。這些設施直接影響到生產衛生水平及產品質量，因此應特別注意。
一、危險品存放
生鮮食品廠車間內的危險品主要是指清潔劑、消毒劑、滅蟲鼠藥劑、殺菌劑、澄清劑等。這些物質會對食品造成污染，對人體有毒害作用。此類產品應加貼具有明確標志的標簽。除非生產和工藝需要，不得放置在生產車間內，應單獨存放于專用場所并由專人負責管理，以確保其存放和貯存不對生產造成污染。
二、蚊蟲鼠害控制設施
外來蚊蟲鼠害是食品安全衛生質量的主要威脅，因此應當嚴格控制其接近或進入車間。其滅除和控制方法如下。
1、生鮮食品廠廠區內不得有老鼠、狗、鳥群及蟲害。
2、設立捕鼠點，采用機械捕鼠。
3、生鮮食品廠車間內安裝風幕機、塑料簾、暗道和雙層紗窗，防止進入車間。
4、生鮮食品廠車間安裝滅蠅燈（飛蟲控制器），每天下班后進行滅蠅。
5、生鮮食品廠車間下水道的出口處及地漏處應安裝防鼠、蟑螂等爬蟲的柵欄等設施
6、生鮮食品廠車間地基必須深入地下0.5～0.8m，地面上0.6m之下部分均應用堅固（磚、石）的材料砌成，使鼠類不能侵入。
7、車間進出貨物（物料）采用平臺，平臺與路面間的墻面應用光滑材料鋪設，防止鼠類進入。
三、通風設施
生產、包裝及倉庫等場所應保持通風良好，必要時應裝設有效的換氣通風設施，以防止室內溫度過高、蒸汽凝結或產生異味等，并保持室內空氣新鮮。易腐敗的即食性成品或低溫運銷成品的清潔生產區內應裝設空氣調節設備。
在有臭味及氣體（包括蒸汽、油氣及有毒氣體）或粉塵產生而有可能污染食品的地方（如預煮、油炸、煙熏、濃縮、磨粉工段），應有適當的排除、收集或控制裝置。一般對產生水蒸氣或油氣的設備需進行機械排風，可在設備附近的墻上或設備上部的屋頂開孔，用排氣風機（抽風管道）直接進行排氣。在進行車間平面布置時，對于局部排出大量蒸汽的設備應盡量靠墻并在當地夏季主導風向的下風向。
管制生產區的排氣口應裝設防止有害動物侵的裝置，而進氣口應有空氣過濾設備。并且，兩者應易于拆卸清洗或換新。
生鮮食品廠廠房內的空氣調節、進排氣或使用風扇時，其空氣流向不得由低清潔區流向高清潔區，以防止食品、食品接觸面及內包裝材料等受污染潔凈車間需要正壓送風，并進行空氣凈化。一般，潔凈車間與非潔凈車間之間的靜壓差不小于5Pa，與室外的靜壓差不應小于10Pa。